2020年4月11日 星期六

美國是新冠病毒大流行之源頭


新冠病毒於20199月即在美國開始了人際傳播!
劍橋大學202049日發表論文,稱:
新冠病毒分三個變種:ABC
A
類病毒更多發現於美國和澳洲的受感染者。A類和從蝙蝠、穿山甲身上提取的病毒最為相似。研究人員稱A類病毒為爆發根源 “the root of the outbreak” )。
A
類在武漢只有極少案例,且來源於在武漢生活過的美國人。
B
類毒株是中國境內(即武漢)主要類型,且並沒有傳播出東亞地區。
C
類病毒是歐洲主要類型。
A
類變異後演化成B類,B類又變異演化成C類。

全文中文翻譯本如下:
研究通過基因突變繪製了COVID-19的“初期基因排序”,當它從中國和亞洲傳播到澳洲,歐洲和北美時。研究人員說,他們的方法可用於幫助識別無證感染源。 

COVID-19: genetic network analysis provides ‘snapshot’ of pandemic origins

"基因網絡分析(genetic network analysis)有可能幫助識別未記錄的COVID-19感染源"——彼得·福斯特
來自英國劍橋和英國的研究人員使用遺傳網絡技術,重建了人類中COVID-19的早期進化路徑,因為感染已從武漢傳播到歐洲和北美。
通過分析將要從人類患者中測序的前160個完整病毒基因組,科學家們繪製了新冠狀病毒通過其突變產生的原始譜系,從而產生了不同的病毒譜系。
有太多的快速突變,無法整齊地追踪COVID-19家族主幹。我們使用了數學網絡算法來同時可顯示所有可能的分支。劍橋大學的遺傳學家彼得·福斯特博士說。  
這些技術最著名的是通過DNA繪製史前人類的移動圖。我們認為這是它們首次被用來追踪冠狀病毒(例如COVID-19)的感染途徑之一。” 
該團隊使用了從20191224日至202034日從世界各地採樣的病毒基因組中獲得的數據。研究發現,COVID-19的三個不同變體由緊密相關的血統簇組成,他們將其標記為“ A”“ B”“ C”
福斯特和他的同事發現,武漢發現了與蝙蝠中最接近的COVID-19類型-“ A”型,即人類原始病毒基因組,但令人驚訝的是,它不是該城市的主要病毒類型。
據報導,居住在武漢的美國人帶有突變的“ A”型病毒,在美國和澳洲的患者中發現了大量的A型病毒。
武漢的主要病毒類型“ B”在整個東亞患者中普遍存在。不過,研究人員說,該變體沒有進一步的突變就不會在該地區以外傳播很多,這意味著在武漢發生了創始人事件,或者說對東亞以外地區的這種COVID-19產生了抗逆
“ C”變體是主要的歐洲類型,在法國,意大利,瑞典和英國的早期患者中發現。該研究在中國大陸樣本中沒有,但在新加坡,香港和韓國見過。
這項新的分析還表明,最早是在127日將這種病毒引入意大利,這是通過首次有記載的德國感染而來的,而另一種早期的意大利感染途徑則與新加坡群有關。
重要的是,研究人員說,他們的遺傳網絡技術可以準確地追踪既定的感染途徑:突變和病毒譜系在已知病例之間相互交織。
因此,科學家認為這些系統開發方法可以應用於最新的冠狀病毒基因組測序,以幫助預測未來疾病傳播和激增的全球熱點。
劍橋大學麥當勞考古研究所研究員福斯特說:系統進化網絡分析有潛力幫助識別未記錄的COVID-19感染源,然後可以對其進行隔離以遏制該病在全球的進一步傳播。大學的繼續教育學院。
該發現今天發表在《美國國家科學院院刊》(PNAS)上。該研究中使用的軟件以及1000多種冠狀病毒基因組的分類和計數可從www.fluxus-technology.com免費獲得。   
研究人員將變種“ A”與蝙蝠和穿山甲中發現的病毒最密切相關,稱其為爆發的根源。類型“ B”源自“ A”,被兩個突變分隔,然後“ C”又是“ B”女兒
研究人員說,“ B”變體在東亞的本地化可能是由奠基者效應造成的:遺傳瓶頸是指在病毒的情況下,從一小群孤立的感染群體中建立了一種新類型時發生的基因瓶頸。
福斯特認為,還有另一種值得考慮的解釋。武漢B型病毒可以在免疫學或環境方面適應東亞大部分人口。它可能需要改變以克服東亞以外的抵抗。在初始階段,我們似乎看到東亞的突變率比其他任何地方都慢。
他補充說:我們詳細描述的病毒網絡是流行早期的踪影,當時COVID-19的進化路徑被大量突變所掩蓋。就像在行動中捕捉到了一顆基因排序。
自從進行今天的PNAS研究以來,研究團隊已將其分析擴展至1,001個病毒基因組。儘管尚未經過同行審查,但福斯特說,最新研究表明,COVID-19的首次感染和傳播是在9月中旬至12月初之間發生的。 
研究人員使用的系統進化網絡方法-可以在一幅簡單的圖中同時顯示數百棵進化主幹-1979年在新西蘭開創,然後由德國數學家在1990年代開發。
這些技術引起了考古學家Colin Renfrew教授的注意,該教授是PNAS這項新研究的合著者,在1998年。Renfrew繼續在劍橋大學建立了世界上第一個考古學研究小組之一。 


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