東晉積弱 權臣整頓佛教
王權管的是世間事，宗教關注的是身後事，本來河水不犯井水。然而，正所謂國無二君，人無二主，政教都時有矛盾！歐洲曾發生過歷時百多年的宗教戰爭。中國未至於此，但也不是從沒有政教衝突。漢亡，魏、晉兩朝都是戰爭頻仍的亂世，人心不安，佛教乘時興盛，東晉末年且發生中國歷史上第一宗政教衝突。
公元402年，離東晉滅亡只有18年，弱智的晉安帝登基第六年，東晉名將桓溫之子桓玄已掌握朝政。當時的皇族高門大多篤信佛教，親寵僧尼，以致不少僧尼不守戒律，恃勢橫行，腐化斂財，「供嚫無窮，富傾都邑」。供嚫指佛教徒捐贈給僧尼或寺廟的財寶。此外，寺廟不用納稅，僧人免兵役。興建規模宏大的佛寺、雄偉的佛像，浪費公帑之餘，還成為不少人民逃避賦稅兵役的避難所，導致國庫空虛。
桓玄決定整頓佛教，清理門戶。他下詔：只批准三類人出家當沙門（即佛家僧人）：一為「暢說義理者」；二是「禁行修整，奉戒無虧者」；三是「山居養志，不營流俗者」。不符合上述三項規定者，一律勒令還俗。此外，他還下令全國的沙門必須禮拜君王。理由是：佛教徒不拜，乃是藐視君王。須知道，沙門也是君王的臣民。臣食君之祿，怎可以不拜君王？民受君王保護，享受君王的恩惠，怎可以不禮敬君王？
桓玄頒令後，寫信給當時高僧慧遠，尋求他的支持。自385年道安法師圓寂後，承繼其衣鉢的慧遠，已是佛教團體中最德高望重的領袖。他秉承師傅道安的教誨，要宏揚佛教，須取得當權者的支持，至少不敵視，便立即覆信給桓玄。何況，慧遠深知許多僧尼勾結貴族高官，肅清這些害群之馬，只會禆益佛教。他在信中表示，「佛教凌遲，穢雜日久；每一尋思，憤慨盈懷」。他不反對桓玄整頓佛教的措施，但不能接受沙門必須禮拜王者。
沙門不守世俗禮節
原始佛教認定，沙門已是出家人，應守佛教戒律，而毋須守世俗的禮節。《大般涅槃經》云：「出家人不應禮敬在家人也。」君王既是在家人，當然不例外。家族長輩，也只須合什為敬，不用行禮。沙門及佛教徒只須禮拜先受戒的長者，供養恭敬。在印度如此，在其他佛教國家也如是，例如緬甸，只有君王禮拜高僧，高僧不禮拜君王，事關君王不能變或佛，沙門卻可以變成君王。傳說釋迦牟尼曾到達今之斯里蘭卡，宣稱這島國永受佛法保護，故斯里蘭卡君王均服從佛法的指導。
中國的佛教徒亦嚴守不拜王者的戒律。此所以儒家一直排斥佛教，指佛教徒違背三綱五常，不尊君、不敬祖，乃是無君無父，而且出家人不結婚生子，有違孝道。
慧遠在信中表示：佛教的戒律和儒家的禮教無疑相異之處甚多，但並非水火不相容，正邪不兩立，事關君王與沙門都有同一目標：「拯溺俗於沈流，拔幽根於重劫，遠通三乘之津（三種修行方法），廣開天人之路」，大家都是為了造福眾生。用現今的話講，君王善治，可以讓人民安居樂業，不愁衣食，活得有尊嚴，但生活幸福並未能解決人生八苦（即生、老、病、死、求不得、怨憎會、愛別離、五陰盛等等），信佛才可求解脫也！
高僧化解儒家敵視
由是，慧遠指王權與佛教毋須互相敵對，而可以「長處互補」。沙門宣揚佛法需要君王支持，佛法為大眾所接受，亦可幫助君王穩定社會秩序，保境安民，「助王化於治道者也。」慧遠認為：現實上，不是人人都有慧根覺悟，故佛教徒可分為兩類：在家人和出家人。在家人前世業報未盡，必須如世俗人般忠孝守禮，不宜「受其（君王之）德而遺其禮，沾其惠而廢其敬」，可禮拜王者；出家人則是「方外之賓」，只有忘禮廢敬，才可達涅槃，故不應強迫沙門禮拜王者。
其實，桓玄整頓佛教，旨在削弱貴族勢力、樹立權威，以便日後逼晉安帝讓位給他稱帝而已。他收到慧遠的信後，心知無法成功，惟有取消沙門拜王者的詔令。後來，慧遠撰寫《沙門不敬王者論》，以佛教徒之立場，主張沙門不必禮拜帝王。 在印度佛教之理念中，在法（真理）之前，不論帝王或沙門一律平等；法即是不變之真理。 此一觀念於佛教傳入我國後，因佛教勢力之逐漸強大，而形成國家權力與佛教理想之衝突。 慧遠於書序論中敘述其撰述理由，其次再從第一「在家」、第二「出家」兩篇中論述佛教出家之本質，強調出家者之生活必然超越世俗生活。
現在都有政教衝突！
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